南京中医药大学继续教育学院、高等职业技术学院是学校下辖的办学实体，又是学校继续教育和高等职业教育的职能部门，两院全署办公。学院坐落在汉中门校区（南京市汉中路282号85信箱，邮编：210029）。我院现有教职工12人，现任院长兼支部书记郝达富副教授。

我校继续教育始于20世纪50年代，即我校前身的江苏省中医进修学校，至今已有半个世纪的历史。经过几代人的辛勤耕耘，尤其是改革开放以来，在学校党委和行政的领导下，各项工作成绩斐然。目前，办学形式已涵盖夜大学、函授、成人脱产三类成人高等学历教育，承担师资进修以及受有关主管部门委托举办各种专业证书教学班、进修班、培训班、自考班等非学历教育任务。分别在江苏省中医学校、如皋、海安、连云港、无锡、浙江金华、河南郑州等地设立了教学点。现有6个专科专业，6个本科专业，在校成人学历教育学生3500余人。

我校于2002年12月成立了高等职业技术学院，实行与继续教育学院两块牌子一套班子的管理体制。设中药学、护理学（中西医结合）、药学三个本科专业，2003年起面向全省招生，招生对象为医、药、护理、化工类中专应届毕业生（亦称“对口单招”）。考试录取办法根据国家招生计划，中药、护理专业按省定条件采取推荐加综合考试、药学专业由省进行统考，学校择优录取、省招办审批的办法。学生在校期间按照规定享受普教学生同等待遇，凡修完规定课程，成绩合格，符合学士学位条例者授予学士学位。现学生已划入各有关学院管理。